Ao longo de sua existência, a ECOS se consolidou como uma ong atuante na defesa dos Direitos Sexuais e Reprodutivos de mulheres, adolescentes e jovens, e incorporou novas temáticas aos seus projetos, de forma a acompanhar as crescentes demandas sociais. Ao lado dos projetos sobre Gravidez na Adolescência, Prevenção às DSTs/Aids, da Diversidade, Masculinidades, passou a incluir também os temas da Participação Juvenil, Prevenção ao Uso Indevido de Drogas e Violência de Gênero.

Suas atividades estão estruturadas em cinco eixos:

Comunicação - Desenvolvimento de estratégias que apóiam mudanças de comportamento relacionadas à Sexualidade e Saúde Reprodutiva, Uso Indevido de Drogas e Violência de Gênero e que incluem elaboração de material educativo.

Projetos e Pesquisas - Os projetos têm em comum a promoção dos direitos sexuais e reprodutivos, principalmente dos/das adolescentes e jovens, e as pesquisas auxiliam na produção de conhecimento teórico e subsidiam a formulação das estratégias.

Formação de Pessoal - Capacitação e instrumentalização de profissionais para o trabalho em Educação Sexual, Prevenção ao Uso Indevido de Drogas e à Violência de Gênero. As ferramentas desenvolvidas para o trabalho com esses profissionais são cursos e workshops.

Advocacy - Desenvolve atividades de advocacy em prol da formulação de políticas públicas para as questões dos direitos sexuais e reprodutivos de adolescentes e jovens de ambos os sexos, tendo por base o Estatuto da Criança e do Adolescente (1990), as recomendações da Conferência de População e Desenvolvimento (Cairo,1994) e da IV Conferência Mundial da Mulher (Beijin, 1995).

Consultorias e Assessorias - Para desenvolvimento de projetos e elaboração de programas em Educação Sexual, Violência de Gênero, Masculinidades, Saúde Reprodutiva do Adolescente e Prevenção ao Uso Indevido de Drogas.